období záznamů: 1832–2024
Legenda:
ověřené záznamy
neověřené záznamy
nejisté záznamy
Červený seznam Šumavy: NT
Lakušník niťolistý má hlavní rozšíření v rybničnatých oblastech, v územích s bazickými podklady se často vyskytuje i ve vodních tocích. Na Šumavu zasahuje pouze okrajově. Stabilní populace je známa v Hornovltavské kotlině ve Volarském potoce pod Volary, uváděn byl také z rybníka Olšina. Další populace byla zaznamenána ve Vojenském výcvikovém prostoru Boletice v nádrži Loutka.