období záznamů: 1789–2024
Legenda:
ověřené záznamy
neověřené záznamy
nejisté záznamy
Červený seznam Šumavy: VU [D2]
Typický boreo-montánní druh, rozšířený v temperátním a chladném pásmu celé severní polokoule. V Evropě zasahuje ze Skandinávie na jih po Pyreneje, úpatí Alp, Balkánský poloostrov a Karpaty. Ve střední Evropě je v současné době blatnice vzácná, vázaná povětšinou na horské oblasti. Na Šumavě je významným a typickým druhem vrchovišť centrální Šumavy, kde je centrum jejího zdejšího rozšíření. Největší počet lokalit leží v oblasti velkých slatí mezi Kvildou, Modravou a Javořím vrchem: byla zjištěna v širším okolí Javoří slatě, na Javořím vrchu, na Tříjezerní, Rokytecké (Weitfelerské), Šárecké, Přední Mlynářské a Cikánské slati, na Gayrücku, na Roklanské slati, na dně bývalé Roklanské nádrže, na Novohuťské slati, v blízkosti Vrchové slatě, na Kruhové, Blatenské (Šumenské), Březové slati, na slatích v Luzenském údolí (zejména na Hraniční slati), dále na Tetřevské a Černohorské slati. Starší údaje pochází i z Mezilesní slatě a Chalupské slatě. Směrem k jihu jsou výskyty omezeny na Žďáreckou slať, malou slať u říčky Časté východně od Žďárecké hory a Stráženskou slať (Splavské rašeliniště), odkud pochází první údaj ze Šumavy z roku 1881 (Čelakovský 1882b). Z kotliny horní Vltavy pocházejí historické údaje i z Mrtvého luhu, kde nebyla v posledních letech ověřena, několik lokalit v Hornovltavské kotlině bylo zatopeno při výstavbě vodního díla Lipno. Druh však dosud roste u Kyselova, kde byl celkově zaznamenán na třech blízkých lokalitách. Směrem k severozápadu okraji byl do nedávna nejzašší známou lokalitou Stará Jímka u Prášil. Avšak v roce 2020 byla nalezena malá populace blatnice až v oblasti Zadních Šmauzů (Koutecký in Štech et al. 2022).
Na bavorské straně roste na plovoucích ostrůvcích Velkého i Malého Javorského jezera, v zazemněné části Roklanského jezera a na několika slatích přiléhajících k Modravským slatím (ZwieselterFilz, Latschenfilz, Grosserfilz bei Spitzberg). Na rakouské straně byl v minulosti zaznamenán na vrchovišti Auerl v masivu Plöckenstein (Duzendorfer 1992).
Stanovištěm blatnice bahenní jsou vrchovištní šlenky, mnohem vzácněji jezírka v přechodových rašeliništích.
Populace v oblasti Šumavských plání jsou zatím stabilní. Ohrožení na některých lokalitách spočívá v extrémních klimatických výkyvech, pokračujím odvodnění a vysychání lokalit a následných sukcesních změnách.