Beobachtungszeitraum: 1880–2024
Legende:
Verifizierte Angaben
Noch nicht verifizierte Angaben
Unsichere Angaben
Rote Liste des Böhmerwaldes: VU [B2b(iii+iv)]
Areál druhu se táhne od severní Afriky přes západní a střední Evropu do Skandinávie a Pobaltí. Ve střední Evropě je velmi lokální, výskyt ve studovaném území leží poblíž jihovýchodní areálové hranice. Na české straně Šumavy je souvisle rozšířen ve Vltavě od Lenory až po ústí řeky do Lipenské přehradní nádrže, před vybudování přehrady rostl i tam; po přerušení Lipnem pokračuje dál až po okraj Budějovické pánve. Kromě toho roste v některých přítocích, např. v Řasnici, ve Volarském a Hamerském potoce, dříve i v Pestřici, Borkové a v Černém potoce. Historické údaje jsou z jezera Laka, kde byl naposledy sbírán v roce 1914. Výskyt u Nového Údolí v zatopené pískovně představuje nejspíše introdukci. Ve Vltavě je stále hojný, ale ve Volarském potoce u Planerova mlýna je jeho existence ohrožena znečištěním z Volar. Na bavorské straně Šumavy se druh historicky vyskytoval v jezerech Großer a Kleiner Arbersee. Na rakouské straně roste v řece Große Mühl na hranici území. Stolístek střídavokvětý je druh chladných oligotrofních tekoucích vod, mnohem řidčeji roste i v oligotrofních tůních nebo v jezerech.